Se encuentra ubicado en la cuenca baja del río Apaporis, al sur se encuentra con los resguardos de Mirita-Paraná, Puerto Córdoba y Comeyafú y al norte con el Resguardo del GranVaupés, entre los departamentos del Amazonas y el Vaupés.
El clima del parque es cálido húmedo tropical, con una temperatura promedio de 27ºC
La iniciativa para la creación del Área Protegida, nace de las Autoridades Tradicionales Indígenas, agrupadas en la Asociación de Capitanes Indígenas Yaigoje Apaporis, ACIYA, con miras a fortalecer los mecanismos de protección y conservación integral de este territorio y en particular de los valores culturales materiales e inmateriales de los pueblos indígenas Macuna, Tanimuca, Letuama, Cabiyari, Barazano, Yujup-Macu y Yauna, asociados a la conservación, uso y manejo del mismo.
Cuenta con una rica tradición cultural que contempla una serie de prácticas chamanísticas y rituales, que según los indígenas le otorgan a los seres humanos los conocimientos necesarios para vivir y proteger este mundo. Los cerros, raudales, remansos, lagos, quebradas, ríos, cuevas, salados, piedras, cananguchales, sabanas y nacimientos de agua, son considerados por los indígenas del Resguardo Yaigojé Apaporis como "Sitios Sagrados", que son marcas indelebles de la labor de las deidades durante la creación del mundo, dándole a cada parte del territorio un significado.
Según los habitantes del resguardo Yaigojè Apaporis, estos puntos especiales del territorio son usados como referentes para el manejo y curación del mundo, a través de prácticas chamanísticas y rituales que conforman el "Camino de Pensamiento".
¿Cómo llegar?
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La zona geográfica en que se ubica el Parque Nacional Natural Yaigojé - Apaporis no dispone de infraestructura vial, razón que dificulta el acceso al área protegida. La navegación por vía fluvial por los ríos y caños constituyen la única ruta de acceso al interior del parque.
Si vienes desde Bogotá, se accede por vía aérea a Leticia (1h 45 min de vuelo), la capital del departamento del Amazonas, desde allí es necesario un vuelo hasta el corregimiento de La Pedrera (40 min) desde donde se inicia un largo recorrido por vía fluvial tomando aguas del Río Caquetá hasta llegar a la desembocadura del río Apaporis en la frontera con Brasil.
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Una vez en aguas del río Apaporis el recorrido nos conduce por las diferentes comunidades que se encuentran en jurisdicción de los departamentos del Amazonas y el Vaupés. El recorrido fluvial para recorrer en su totalidad el parque puede ir desde cuatro hasta los siete días de viaje teniendo en cuenta la época en que se realice el mismo.
Es una experiencia acogedora muy cerca de la naturaleza, que permite acoplarse con un contexto diferente, pero es de recordar que el Parque Nacional Natural Yaigojé - Apaporis NO cuenta con actividad eco-turística en su interior.
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